加密系統在企業中有三個基本的部署方向，分別是存儲、傳輸和認證。因為互聯網并非可信傳輸渠道，有可能存在監聽、攔截和惡意修改等多種威脅，因此傳輸方向為企業對加密系統需求最大的方向。隨著企業內部對本地數據安全的日益重視，存儲方面尤其是移動設備的存儲加密市場也越來越熱，大有后來居上的勢頭。
存儲方面
加密系統的主要作用是通過加密來保證敏感數據不被未授權者訪問和通過Hash算法保證數據的完整性，加密常用的算法是3DES/Blowfish/AES，在操作的數據量比較小時，也常常采用RSA等分對稱加密算法，校驗常用的算法是MD5。目前市場上常見的產品包括軟件實現的對特定目標（文件、文件夾、數據庫等）和全盤加密，如商業的PGP、開源的TrueCrypt、GPG等，及集成加密芯片的加密存儲設備，如Seagate等廠商的產品。
傳輸方面
加密系統的主要作用是保證用戶傳輸的數據在非可信傳輸渠道傳輸時不受攻擊者的威脅，并保證傳輸數據的完整性和真實性。應用在這方面的加密系統比用在存儲方面的更復雜一些，還需要考慮密鑰的分發問題，所以傳輸方面的加密系統的一種常見形式是同時使用對稱加密和非對稱加密算法，先通過非對稱加密來加密分發對稱加密的密鑰，再用對稱加密的方法來保證數據處理和傳輸的速度。另外，用在傳輸方面的加密系統還按連接加密的網絡層次分為連接加密和端對端加密，連接加密會把特定數據連接的所有數據進行加密，通常用在有較高安全級別的通訊中，端對端加密則只加密數據本身，包括路由信息等網絡數據并不進行加密，它更適合用在互聯網等安全級別較低的場合。用在傳輸方面的加密系統包括軟件實現的各種加密隧道如SSH、IPsec、VPN等、應用級別的端對端加密如PGP、HTTPS、SMIME、PEM等，硬件方面則有各種帶VPN功能的防火墻、帶加密功能的網卡等。
認證方面
加密系統的主要作用是確認信息發送者的身份、校驗收到信息的完整性以及提供不可否認性。這些功能的實現依賴于非對稱加密和Hash算法的結合使用，以公鑰對比對方私鑰的簽名來確認信息發送者的身份，用Hash算法對信息進行校驗。目前認證方面的加密系統以軟件實現為主，如各種PKI、PGP、GPG等，少量的加密系統實現中還使用寫入私鑰或安全證書的智能卡、閃存等來增加加密系統的安全性。